http://www.reaper.fm/

Программа кстати хорошая, но я к сожалению тоже ей не пользовался. Проверь, возможно на мониторинг и миксдаун разные миксы, либо проблема с роутингом сигналов (если такое возможно в этой проге), и то, что сохранение происходит верно. Есть такое понятие как export, а есть bounce to disk (к примеру в Pro Tools), возможно в Reaper так же есть различные варианты сохранений.

Если ты только начал осваивать программу, то рекомендую перейти на Cubase. На мой взгляд, каждый musicmaker должен уметь с ним работать.