Убрать шумы из аудио записи можно с помощью Cool Edit Pro, либо его нового брэнда - Adobe Audition.

Cool Edit - занимает намного меньше места, без замеченных мною багов.
Adobe Audition - более автоматизирован, более удобен, но ресурсоемок.

У меня установленна Adobe Audition 3.1:
В самой программе есть плагин "Noise Reduction", который убирает\подавляет шумы.

Для этого нужно проделать следующее:
1) Выделить в "профайл" плагина 2-3 секунды чистого шума.



2) Далее, идут настройки.



Для новичков, любителей, там установлены оптимальные настройки. Если уже, дело дошло до использования этого плагина, то не стоит париться на счёт идеальной точности вычислений. Это всё не серьёзно, если запись производилась не в студии и не профи.

Сохраняем profile в памяти, нажимаем "close"
Выделяем весь трэк, где требуется удалить шумы, заходим опять в плагин.
Играемся со scrollbar'ом, от low-high, слушаем preview и когда результат устраивает - нажимаем OK.

Precision Factor - точность вычислений, оптимально около 9-и
Smoothing Amount - допустимость просчётов вычисления, 1-2 норма.

Так же существуют прочие аналоги для подавления шумов - Waves X-Noise, Sony Noise Reduction и т.п.