В Scarlett MixControl Graphical Interface, есть секция Routing and pre amp section, там каналам 1-4 можно выставлять Line/Inst для 1 и 2, и Low Gain/High Gain для 3 и 4.

Если это не поможет, то значит такая особенность звуковой карты и эти выходы просто для других целей. Поэтому без пульта никуда в таких случаях.