Да, это звуковая карта.

Ещё может быть что слабый комп. Процессор (желательно multicore), оперативную память не меньше 1GB. Ну и всякие мелочи вроде DDR3, 32mb cache и прочее, хотя что бы это влияло, проэкт должен быть намного серьёзней чем 2 дорожки.

Есть опция в настройках - sample buffer, называться может по разному. В аудио интерфейсах, в контрольной панели выставляется минимальная задержка (latency). При появлении clicks/gaps (то есть этих "задержек"), нужно увеличить параметр latency.

На сколько я помню, установка sample buffer'a есть в настройках FL Studio, в MIDI опциях.

P.S. - Как вариант, попробуй решить эту проблему установкой ASIO4ALL. Все аудио интерфейсы поддерживают ASIO, как и разработанные под них DAW (Cubase, Ableton, Logic, Reason, FL Studio). А ASIO4ALL можно считать "читом" для дешёвых карт, не поддерживающих ASIO драйвера. Есть исключения - Creative Soundblaster 16 Live!, точно не поддерживается, но твой Realtek может быть.
http://www.asio4all.com/