То есть я сохраняю вавку 24\48 и с ней уже работаю.
Работай с 44.1, но если захочешь больше то 88.2 (но не 48 или 96).

Перед сохранением в wav, ты должен быть уверен что тебя всё устраивает и ты ничего не хочешь изменить в звучании. Т.к. последующие изменения всего микса будут только хуже. Попробуй так же отказаться от технологии MS.