В принципе да. Может ты ставил какие то программы оптимизаторы реестра, твикеры и т.п.? Они могли отключить автозапуск в регистре.

p.s. попробуй убрать галочку с "использовать автозапуск для всех носителей", сохранить настройки, а потом назад вернуть.