Если есть возможность снять профайл шума (т.е. момент в 2-3 секунды, где слышно только шум), то проще всего и на мой взгляд качественней воспользоваться Noise Reduction из программы Adobe Audition (он же Cool Edit Pro 2) с определёнными настройками параметров.

Прочти следующие две темы: