Впервые о таком слышу :)
Вообще не слышал случаев что midi может на что то повлиять.

Тема пусть будет открыта, спрошу у знакомых кто работает с midi - если случалось подобное.

Пошел клик, но звук миди стал как бы с эффектом делея.
Больше похоже на программную ошибку. В Cubase используется Alesis ASIO драйвер или ASIO4ALL?

Визуально midi кабель / входы, выглядят исправными?