Точно сказать не могу на счёт FL Studio, но как и во всех подобных программах, в настройках устройств (аудио устройств) нужно выбрать в свойствах записи канал, к которому подключена гитара. А так же проверь что в звуковой карте возможность звукозаписи включена верно. Для этого можешь проверить сигнал в обычном Windows Recorder'e (Стандартные - Звукозапись).