В channel strip есть две группы из 8-и слотов каждая под эффекты - слева и справа (посередине eq)
Одна называется Inserts, другая - Sends. Какой ты группой пользовался когда обрабатывал гитару с шумом?

И ещё возможно что с использованием определённых плагинов у тебя произошел phase shift и шум снова стал слышен. Зависит от записи, если это моно\стерео, а так же от взаимодействия одного или нескольких эффектов с другими трэками.
Знаешь что такое phase shift? phase reverse? phase conflict?

Если не ошибаюсь, у Waves есть плагины серии Renaissance, которые не создают фазового конфликта - можешь попробовать.