Да, если правильно настраиваешь звук - то при записи.
В профессиональных студиях пишется чистый звук - direct (если это не live), а потом уже прогоняется заново по эффектам и записывается two-track (финальный стерео).
Эффекты можно подключать на записи через aux, например реверб, что бы вокалист чувствовал себя более уверенней.
Если нет микшера, то перед входом в звуковую карту, можно поставить preamp, compressor/limiter... EQ если это гитара.

Но зачем пользоваться внешними? Лучше писать clean и сводить с VST.