Как то возникала подобная проблема. Такое ощущение, что куб иногда хочет писать то с одного канала, то с другого :)
У меня карта с двумя моно-входами. От микшера идёт кабель только к левому, то есть запись идёт только на левый канал в моно. Так вот, куб при записи в аудиотрэк бывает что записывает с левого, нужного мне, а бывало, что ничего не записывает. Я проверял, ибо догадался в чём дело, подключая в правый канал звуковой карты, и тогда запись на этот аудиотрэк шла. причём всё это могло быть в одном проекте на рядом стоящих дорожках-аудтотрэках!
Сейчас вроде такое (тьфу-тьфу-тьфу :)) не происходит. Может где-то что-то в настройках есть - я так и не понял:).
И здесь наверное надо попросить подробное описания процесса записи - с чего запись и в какую карту. Может что выяснится :)