Даже не знаю с чего начать... :) Достаточно поменять простейшие плагины местами в программе, на один tick или сэмпл сдвинуть фазу - уже будут изменения в звуке. Не говорю о том, что будет если сделать mixdown, одних и тех же wav файлов в различных программах или версиях.

Сделай вот что: попробуй поставить freeze на каждый канал, сохрани две копии, в одну папку - mixdown, во вторую - multitrack. Создай новый проэкт, с теми же параметрами (например 24bit, 48khz), загрузи multitrack и сравни звучение проэкта с предыдущим миксом и заново созданным. Чем больше вариантов - тем лучше.

У меня такое чувство появилось, когда я просто нажимал Play. Плагины были установленны в режиме realtime и при каждом новом прослушивании, я слышал разное звучание.

Как нибудь сохраню один и тот же проэкт, в две разные папки, оба варианта - same mixdown, один в один. И проверю соответствие по hash'ам файлов.

Видел подобную информацию раньше - обсуждения, статьи, но не придавал особое значение. Как и в аналоговом звуке - разная аппаратура, разные компьютеры, программы, аудио интерфейс - другой звук. Идеального не существует :)

И ещё, попробуй на Master Out в Mixer'e, установить качественный Dither плагин, соответствующий CD качеству - 16bit 44100hz, и сохрани mixdown 16/44.1 Wav PCM