В большинстве случаев по функционалу ни одна из них не отличается, вопрос удобства. Т.е. имея большой опыт в одной вы легко сможете приспособиться к другой, выучив горячие клавиши и некоторые особенности. Можно одинаково хорошо работать и в Cubase и в Studio One, советую попробовать то и другое и определиться, какая вам удобнее.

Различие в сведении и мастеринге в каждой из них будет лишь в использовании определённых плагинов и методов, суть останется той же.