Не хочу ставить FL Studio, но посмотри если через rewire можно:

1) выбрать output с определённого канала в Cubase
2) данный сигнал переслать на пустой канал или же на FX канал в FL Studio
3) а output с этого канала в FL Studio, переслать обратно в Cubase на другой input канал

Если это не возможно - то я не вижу других вариантов, кроме как предложил root_sashok.

Как использовать ReWire:
http://www.image-line.com/support/FL...ent_cubase.htm