Native Instruments - Traktor Scratch - навороченная программа, используется с железом. Если не ошибаюсь, midi должен поддерживаться.
А зачем в реальном времени то? Сделай MIDI команды для скрэтча и будет тебе проект со скрэтчами, либо переведи WAV файлы в Virtual DJ и сделай миксдаун, потом в микс.

Вообще скрэтчить мышкой это извращенство :)) Сколько сейчас стоит самый дешевый б\у Dj controller?
Numark MixTrack USB DJ Software Controller или Ion Audio iCUE3 Discover DJ System