А зачем ты выбрал Apple Soundtrack? Он же для дизайна саундтрэков к видео в основном. Если это то, что требуется - сделай монтаж и раскидай аудио как оно есть в Final Cut или Avid, а потом переводи все необработанные трэки по дорожкам в Logic.

Я так и работаю. Монтаж и редактирование - в Adobe Premiere, микс саундтрэка в Cubase.