А когда это случилось? Или опции отсутствовали в третьей версии всегда?

как вернуть инструменты из прошлой версии на главную панель?
вот это не понял :)

Может открыта ещё какая либо программа используящая ресурсы midi? (Nuendo 2 или другие standalone)

Можно попробовать переустановить заново.